新型インフルエンザと季節性のインフルエンザで対応方法が異なります。
新型の場合は「感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律（感染症法）」から就業制限があるとされ、出勤停止を命じることができるとされています。
季節性の場合は、感染症法や労働安全衛生法の上でも就業制限の対象ではないとされています。
就業規則を確認してみましょう！
季節性だからといって集団感染を引き起こしてしまう可能性もあるので、どのような対応をするか就業規則で定める必要があります。
（学校の保険安全法で設けられている期間を基準に考えられているところも多いようです。）
出勤停止になっている期間の給与は
新型の場合は、国からの就業禁止を命じられているので、会社側は給与を支払う義務はありません。
季節性の場合、出勤停止ではないからと言って高熱にもかかわらず出勤してもらっては困りますので、就業規則でどのように対応するかを決めておいた方が良いでしょう。
休業手当に関しては事業主から欠勤を強制した場合は休業手当を支払う必要がありますが、保健所等の指導によって休業される場合は支払う必要はありません。
また、有給休暇を使いたくないが、給料がないのは困るという方は、医師の証明があれば、休業４日目からは傷病手当金も受給が可能になりますので、利用してみては如何でしょうか。
