会社役員が複数の事業所で役員を兼任している場合の社会保険はどのようにすればいいのでしょうか。

会社の代表取締役が複数の会社で代表取締役に就任し、報酬を得ている場合、代表取締役に関しては、常勤非常勤に関係なく報酬が出ていれば社会保険の被保険者の対象になります。
そのため、両方の事業所で被保険者資格取得届を提出し、どちらの事業所を主にするか本人が選択し、二以上勤務届を提出します。

保険証は主の事業所で発行されます。

社会保険料は、それぞれの会社で支払われている報酬の合計で社会保険料の標準報酬が決定され、それぞれの報酬に対し按分されて保険料が控除されるようになります。